みさきのこやはポケットモンスター（ポケモン）シリーズに登場する施設です。
みさきのこやは、カントー地方のハナダシティの北にある住居です。ポケモンの預かりシステムの開発者であるマサキが住んでおり、家の中には実験で使っていると思われる大きな装置があります。
『赤緑青』『FRLG』では、みさきのこやに訪れると、マサキが実験に失敗し、ポケモンと合体してしまっています。マサキの言う通りに装置を動かすことで、ポケモンとの合体を解除でき、お礼として「ふねのチケット」を入手できます。その後、マサキのパソコンを見ることで、イーブイとその進化系であるブースター・シャワーズ・サンダースを図鑑に登録できました。